U heeft een afspraak met de makelaar gemaakt voor een percentage bij verkoop. Het huis is nu verkocht, dus is het percentage verschuldigd. Het is geen verdeling, want uw ex zal een nieuw hypotheek moeten nemen om het huis te financieren. Uw ex koopt in feite het huis van u beide.
De enige manier om hier onderuit te komen had u het huis eerst uit de verkoop moeten nemen. Dan had u de makelaar de 'boete' betaald en had u het onderhands kunnen verkopen.

Laat uw ex dan maar die €6000 betalen.

Ik neem aan dat de woning nog van u samen was toen u het in de verkoop zette. Als die woning dan volledig toegescheiden wordt aan een van de partners, is dat geen " verkoop ". 

Maar nog afgezien daarvan, u was al met die makelaar overeengekomen dat, als dat zou gebeuren, een "boete" betaald zou worden. Ik neem aan dat die overeenkomst ook op papier staat? 

Die makelaar handelt dus onjuist. U hebt al een klacht ingediend. Is die klacht schriftelijk afgewezen? Zo nee, eis dan een schriftelijk antwoord. 

Ik neem aan dat die makelaar aangesloten is bij een branche organisatie, waarbij u dan ook een klacht kunt indienen.

Ik ben niet zo goed in makelaarsregels, maar als er iemand serieus aan het bieden is, dan mag de makelaar toch niet meer met een ander (in dit geval de ex die voor de helft eigendom is) onderhandelen? Of de makelaar heeft de woning uit de verkoop laten halen en het u verder onderling uit laten zoeken. Of de makelaar heeft de woning aan uw ex verkocht, terwijl er al een koper aan het onderhandelen was. Als de makelaar vast houdt aan het percentage, geeft hij ook toe dat hij onjuist heeft gehandeld. Is de makelaar aangesloten bij een branchevereniging (zoals de NVM)? Dien daar dan de klacht in.

imho is er inderdaad geen sprake van verkoop. Uw ex neemt de woning over. De woning wordt getaxeerd en bij overwaarde dient uw ex de helft daarvan aan u over te maken en bij onderwaarde mag u de helft aan uw ex partner overmaken.
Uw huidige hypotheekverstrekker dient toestemming te verlenen dat uw ex de woning geheel op eigen naam krijgt.

vraag aan de makelaar hoe hoog het bod was van de bieder, u heeft er recht op om te weten welk bod er lag, dat als eerste, kijk dan welk bedrag uw ex heeft betaald en of dat bedrag het bod evenaarde of oversteeg, ook dat is van belang om te weten...

nu uw ex de woning heeft gekocht/overgenomen lijkt het mij dat de boete verschuldigd is die is afgesproken, leg dit ook zo bij de notaris op tafel en neem de papieren waarin dit is afgesproken mee naar de notaris om dit te bewijzen, wil de nortaris toch de courtage ontvangne en overmaken teken dan onder protest...

hoierna kunt u verder steggelen met de makelaar of/en de branchevereniging waarbij deze is aangesloten, komt u er helemaal niet uit zult u een rechter in moeten schakelen en dus een advocaat...

vergeet vooral niet dat het van belang is voor u welk bedrag er als bod lag en welk bedrag uw ex uiteindelijk betaald heeft te vergelijken, heeft hij minder betaald dan het bod welk er lag dan is dit laakbaar handelen, bovendien, en dit is van belang, een makelaar mag NIET met een tweede koper gaan onderhandelen zolang er nog onderhandeld word met de eerste koper, pas als dit bod afgewezen word en deze koper haakt daarna af mag er pas met de volgende koper onderhandeld worden, ook dit is van belang voor u...

Wettelijk is het beroep makelaar al jaren geen beroep meer. Een ieder kan zich makelaar noemen en hoeft geen papieren van (vak)bekwaaheid te overleggen aan wie dan ook. Een makelaar kan vragen wat hij wil of nodig acht. Ik zou voor alle veilgheid een rechtsbijstandverzekeraar in de arm nemen.